Les premières sépultures et squelettes humains retrouvés sur la Presqu'île (et plus précisément sur l’îlot de Théviec) datent du Mésolithique, vers 5000 ans avant J.-C. Pendant la période du Néolithique armoricain, entre 4500 et 2000 ans avant J.-C., les hommes ont dressé des mégalithes : menhirs, dolmens et allées couvertes sont bâtis sur Quiberon et ses alentours. Ces dolmens sont d'ailleurs encore visibles de nos jours. L'Âge du bronze révolu, les Gaulois de la tribu des Vénètes règnent sur un territoire représentant l'actuel Morbihan (ce peuple donna son nom à la ville de Vannes). Suite à l'invasion de la Gaule par les Romains, l'Armorique et les Vénètes sont asservis par ces derniers en 56 avant J.-C.

Quiberon est une île jusqu'au XIe siècle. Avec le temps et à cause d’un déboisement massif, le sable se déplace progressivement vers la baie, créant un tombolo, entre l'île de Quiberon et le continent. C’est à cette époque que l'île se transforma en presqu'île.

En 1746, la presqu'île voit le débarquement de l’escadre anglaise de l’amiral Lestock, composée de quarante vaisseaux. Le capitaine général, de Penhoët, gouverneur de la presqu'île refuse de se rendre. Les combats s'intensifient, l'armée armoricaine est battue et les habitants se voient dans l'obligation de s'enfuir. À la vision des dégâts engendrés par ces combats, le duc de Penthièvre aménage la Presqu’île de redoutes. La construction du fort de Penthièvre débute en 1747.

Après la Révolution de 1789, des nobles et bourgeois royalistes émigrent en Angleterre et tentent de convaincre les Anglais de renverser la République naissante. En juin 1795, Port Haliguen voit débarquer quelques 5 400 émigrés royalistes venus d'Angleterre. 12 000 Chouans du Morbihan, s’allient à eux. Mais les royalistes ne peuvent s'entendre sur les stratégies à adopter (notamment à cause du double commandement du comte de Puisaye et du comte d’Hervilly). L’Armée républicaine, menée par le général Hoche, profite de la discorde et repousse les royalistes sur la presqu’île. Ces derniers se retranchent dans le Fort Penthièvre, mais sont assaillis par les républicains le 20 juillet. Le lendemain, les royalistes capitulent ; sur les 6 263 arrêtés, 748 sont fusillés.

À la fin du XIXe siècle, le chimiste Nicolas Appert fait une grande découverte concernant la stérilisation des aliments. De ce fait, le quartier des conserveries de Port Maria se développe. La ville devient le premier port sardinier de France en créant des « usines à sardines ». De nombreuses familles bigoudènes s'y installent. Les femmes travaillent dans les conserveries pendant que les hommes, partent pêcher.

En 1882, la ligne de chemin de fer Auray-Quiberon est inaugurée. Elle permet de transporter des munitions vers les batteries de la côte, puis quelques touristes qui commencent à percevoir les bienfaits de la mer. On le surnommera le « train des cocus », car il transportait les parisiennes qui venaient en week-end sans leurs maris trop occupés par leurs affaires... Plus tard dans les années 1980 un TER sera mis en place et sera appelé « tire-bouchon » car il désengorge en partie l'unique route qui mène à Quiberon de son trafic.

Devenue aujourd'hui la plage des familles, Quiberon n'a pas attendu l'nstallation du centre de thalassothérapie pour connaître un début de notoriété. Au début du siècle c'était la station où se retrouvaient artistes et littérateurs. Après le vide de la dernière guerre, qui vit la presqu'île se transformer en un camp retranché hérissé de blockhaus, Quiberon s'est remis au tourisme, à l'entretien de ses plages et de son hôtellerie, accueillant une clientèle fortunée, les touristes européens, mais aussi campeurs et plagistes des quatre coins de France.